Le Musée national d'archéologie (en maltais Il-Mużew Nazzjonali tal-Arkeoloġija, en anglais National Museum of Archaeology] de Malte est situé à La Valette, dans l'auberge hospitalière de la langue de Provence construit en 1571 en même temps que la ville de La Valette par l'architecte maltais Ġlormu Cassar. Il est géré par Heritage Malta.
L’Auberge de Provence est un édifice baroque de Republic Street, construit pour les chevaliers de Malte originaires de Provence en 1571. Sa conception est l'œuvre de Ġlormu Cassar, le plus grand architecte de la Renaissance à La Valette, le maniérisme de la façade du bâtiment est une signature de cet artiste.
Le Grand Salon du premier étage est la salle la plus richement ornée. C'était la salle commune où les chevaliers se réunissaient pour débattre de leurs affaires, mais c'était aussi un réfectoire et une salle de banquet : ils y siégeaient autour de longues tables, avec une place réglée par l'âge.
Lorsque Napoléon Ier expulsa l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem de Malte en 1798, l’Auberge fut louée au Malta Union Club. Quoique l'échéance du bail courait jusqu'en 2002, elle fut réquisitionnée pour le musée le 12 août 1955.
L’Auberge de Provence accueillit le Musée National en 1958 à l'initiative d’Agatha Barbara, alors ministre de l’Éducation. À l'origine la collection archéologique était exposée au rez-de-chaussée et les beaux-arts au premier étage. Le premier conservateur était le capitaine Charles G. Zammit, fils de l’archéologue maltais Themistocles Zammit.
En 1974, la collection des beaux-arts fut déplacée dans un autre musée de La Valette, l'Admiralty House building dans South Street, et le Musée National devint le « Musée National d’Archéologie,. »
Le musée a été remeublé et réhabilité en 1998. Les pièces de la collection ont été placées dans des salles climatisées, conformément aux normes muséologiques modernes.
Au rez-de-chaussée du musée sont exposés des artefacts préhistoriques provenant de l'archipel de Malte, depuis les premières traces de colonisation à l’époque de Għar Dalam (LIIe siècle av. J.-C.) au bronze ancien du Tarxien (2500 av. J.-Chr.).
Cette pièce expose des artefacts du haut-Néolithique, dont les céramiques ornées de Għar Dalam, céramiques grises et rouges de Skorba et Żebbuġ.
Les figurines en céramique rouge de Skorba sont les plus anciennes effigies humaines dans cette partie de la Méditerranée ; leur facture annonce les statues de la période postérieure des temples.
On peut voir une reconstruction des tombes troglodytes caractéristiques du haut Néolithique à Malte. Les plus beaux de ces tombeaux creusés à même la roche sont l’hypogée de Ħal Saflieni et le mégalithe de Xagħra; des photographies de ces deux sites sont visibles au musée.
Ces pièces montrent des exemples d’architecture, de figurines humaines et d'autres vestiges des périodes préhistoriques de Mġarr, Ġgantija, Saflieni et Tarxien. Les temples de cette époque sont considérés comme les plus vieux monuments au monde et sont classés au Patrimoine mondial de l’UNESCO.
Le musée présente aussi les nombreuses statuettes corpulentes (« silènes ») dégagées des temples, ainsi que des représentations phalliques. Encore récemment, ces statuettes étaient appelées « déesse Mère », Vénus, divinités et prêtresses, mais on estime désormais qu'elles sont asexuées. Leur taille et leur forme sont variables : la plus grande est haute de 2,70 m et la plus petite de 4 mm. La découverte d’autels de temple et de figurines humanoïdes corpulentes suggère qu'à la Préhistoire un certain type de cultes se pratiquaient dans les îles de Malte et de Gozo. Étant donnée la corpulence des statues il se peut que ce culte ait été lié à un rite de fertilité.
On peut également voir des autels excavés dans les temples de la période de Tarxien, qui ont probablement servi pour accomplir des sacrifices. Leur présence au musée est justifiée par des considérations de meilleure conservation.
Le Grand Salon du second étage accueille les expositions temporaires prestigieuses, entre autres :
Le musée envisage la réouverture prochaine des galeries du premier étage pour y exposer les vestiges archéologiques de l’Âge du Bronze, et des périodes punique et romaine,.
Le musée est ouvert tous les jours de 9h00 à 19h00, les dernières admissions se faisant à 18h30. Il est fermé le Vendredi saint, les 24 et 25 décembre, pour la Saint-Sylvestre et le Nouvel An.
C'est aux caisses du musée ou sur le site internet du musée qu'il faut s'inscrire pour pouvoir faire partie des rares visiteurs de l'hypogée de Ħal Saflieni dont les entrées sont contingentées.