Le musée de Préhistoire et de Protohistoire (en allemand Museum für Vor- und Frühgeschichte) des Musées nationaux de Berlin contient l'une des plus grandes collections en Allemagne de découvertes archéologiques et préhistoriques effectuées en Europe et Asie. De 1958 à avril 2009, le musée se trouvait dans l'ancien théâtre Langhans du château de Charlottenburg. Depuis octobre 2009, la collection est exposée au Neues Museum sur l'île aux Musées de Berlin.
Le fonds initial du musée provient d'une partie du cabinet de curiosités des Hohenzollern, qui avaient constitué une collection d'antiquités. Cette collection prit place au château de Monbijou en 1830, sous le nom de Museum Vaterländischer Altertümer. La collection fut installée au Neues Museum, puis, en 1886, au musée d'Ethnologie et en 1921 au Martin-Gropius-Bau, et renommée Staatliches Museum für Vor- und Frühgeschichte en 1931.
Pendant la Seconde Guerre mondiale, une partie des collections furent envoyées en Union soviétique.
En 1958, le musée ouvrit dans l'ancien théâtre construit par Carl Ferdinand Langhans du château de Charlottenburg (Berlin-Ouest). Après la réunification allemande, la collection du musée et celle du Museum für Ur- und Frühgeschichte (Berlin-Est) furent réunies.
Le 26 avril 2009, le musée au château de Charlottenburg fut fermé et les collections furent transférées au Neues Museum, nouvellement restauré.
Des découvertes effectuées sur les sites paléolithiques de Combe-Capelle et du Moustier sont exposées. L'art préhistorique, de même que le développement des outils au Néolithique et au Mésolithique sont mis en perspective. Le musée présente les différentes cultures néolithiques de l'Europe, de la culture rubanée à la culture campaniforme.
La section de l'âge du bronze illustre le développement de la métallurgie, du culte et des rites funéraires. Le fonds muséologique s'étend de l'Europe occidentale, Allemagne du Nord et Scandinavie, à Europe centrale et orientale, aux Alpes et à la région du Danube et même à l'Italie du Nord.
Le Goldhut (« chapeau d'or ») est l'une des pièces les plus remarquables du musée. Cet artefact, daté vers 1000 à 800 av. J.C., est l'un des quatre cônes rituels en or répertoriés en Europe. Il a été acquis en 1996 par le musée.
Le Trésor d'Eberswalde, butin de guerre de l'Armée rouge, est conservé au musée Pouchkine depuis 1945. Le musée de Berlin en expose une copie, en attendant une hypothétique restitution des autorités russes dans les années à venir.
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