Shirakami-Sanchi est situé dans les montagnes du nord de Honshū au Japon à la bordure des préfectures d'Aomori et d'Akita.
Cette région reculée sans aucune route ni sentier comporte les derniers vestiges des forêts tempérées du Japon.
Le site classé au patrimoine mondial de l'humanité en 1993 a une superficie principale de 10 139 ha, avec une zone tampon de 6832 ha.
Le site a une altitude de 300 à 1243 m (Mont Mukai-shirakami).